Os acordos de transferência de tecnologia significam ainda mais benefícios para a população brasileira. Entre os principais projetos que envolvem Farmanguinhos/Fiocruz, se destacam transferências de tecnologia para a produção de insulina recombinante humana no Brasil e de antirretrovirais em países da África.

Um convênio com o Instituto ucraniano Indar tornará possível para a unidade produzir 50 milhões de doses de insulina humana por ano. Esta quantidade deverá cobrir 50% da demanda do Ministério da Saúde, responsável pelo Programa Nacional de Assistência Farmacêutica para Hipertensão Arterial e Diabetes. Atualmente, o Brasil depende integralmente de importações do medicamento, utilizado no tratamento dos diabéticos, para atender às suas necessidades.

Farmanguinhos também desenvolve uma importante iniciativa no continente africano, especialmente em Moçambique. O Instituto trabalha na implantação de uma fábrica de antirretrovirais no país, um dos mais afetados pela aids em todo o mundo.

Outra conquista importante para a unidade foi a produção do medicamento Artesunato+Mefloquina (ASMQ) contra a malária, desenvolvido em parceria com a Iniciativa Medicamentos para Doenças Negligenciadas (DNDi, em inglês), uma entidade internacional sem fins lucrativos. Agora, Farmanguinhos trabalha na transferência da tecnologia para um laboratório privado na Índia, outro país que também sobre com a doença.