O corpo de pesquisadores de Farmanguinhos trabalha em busca de soluções para doenças de grande relevância para a população brasileira. Estas são as principais linhas de pesquisa da unidade.
Doenças negligenciadas
Chagas
Tripanossomíase
Leishmaniose
Malária
Tuberculose
Hanseníase
Doenças de Alto Custo
Aids
Câncer
Diabetes
Doenças de alta incidência
Problemas cardiovasculares
Infecções respiratórias