A Pesquisa é reforçada com os dois grandes laboratórios de Farmacologia Aplicada e Farmacologia Molecular. O laboratório de Farmacologia Aplicada tem como objetivo pesquisar e avaliar a eficácia de novos fármacos, de origem natural ou sintética, através de testes “in vitro” e “in vivo”, dando suporte ao Desenvolvimento Tecnológico e ao registro de novos medicamentos. Inflamação, alergia, imunorregulação, malária e tuberculose são os principais campos de atuação do laboratório.

O laboratório de Farmacologia Molecular foca em identificar compostos com atividade anti-proliferativa, indutores de apoptose, inibidores da migração de células tumorais, visando o desenvolvimento de novos fármacos e produtos tecnológicos para o tratamento de tumores sólidos, leucemias e doenças crônico-degenerativas.

Farmanguinhos também possui um Biotério de Experimentação, que desenvolve atividades de manutenção dos animais em experimentação nas etapas de pesquisa e desenvolvimento pré-clínico de novos fármacos e identificação de novos alvos terapêuticos. O biotério atua atendendo as necessidades dos pesquisadores e alunos não só na manutenção dos animais recebidos do Centro de Criação de Animais de Laboratórios – CECAL, mas também na assistência técnica dos ensaios in vivo. Dependendo do objetivo do experimento, o setor utiliza-se de várias cepas de animais, inclusive cepas transgênicas, ou seja, geneticamente modificadas.

1. Estrutura
A pesquisa em Farmacologia estrutura-se em dois laboratórios com 32 colaboradores dos 34% são doutores e 19% são mestres.

2. Projetos
Os laboratórios possuem 21 projetos de pesquisas, atuando em inflamação, alergia, artrite, imunorregulação, malária, tuberculose, antitumoral, doenças crônico-degenerativas e câncer. As atividades desenvolvidas no Biotério são voltadas para atender as demandas dos projetos desenvolvidos no laboratório de Farmacologia Aplicada.

3. Parcerias
Os laboratórios mantêm 5 parcerias técnico-científicas com universidades, instituto de pesquisas, organizações públicas e privadas, através de convênio e acordos de cooperação. Entre as parcerias estabelecidas destacam-se a Universidade Federal do Rio de Janeiro – UFRJ, o Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde – CDTS e o IDRI – Infectious Disease Research Institute, em Seattle, USA. O Serviço de Biotério mantém 2 parcerias técnico-científicas com unidades técnicas da Fiocruz: DIRAC – Diretoria de Administração do Campus e ENSP – Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca, com os projetos de Descarte de carcaça – Resíduo A2 do Programa de Tratamento Térmico – PTT e o Tratamento Térmico de resíduos A1