Farmanguinhos conta com uma importante estrutura de laboratórios voltados para atividades de Química de Produtos Naturais. Esses laboratórios têm como objetivos o desenvolvimento de fitoterápicos ou de fármacos a partir da biodiversidade brasileira, validação de espécies de plantas medicinais e validação de produtos de bioconversão.

Como produtos e oportunidades, as equipes apresentam extratos padronizados, ingredientes ativos, marcadores, plantas medicinais e fitoterápicos voltados, sobretudo, para o tratamento de doenças negligenciadas, hipertensão e câncer.

1. Estrutura
A pesquisa em Produtos Naturais estrutura-se em cinco laboratórios distribuídos no campus Manguinhos. Do quadro de colaboradores, 34% são doutores e 10% são mestres.

2. Projetos
Os laboratórios possuem 41 projetos de pesquisas, atuando em diversas linhas de pesquisas.

3. Parcerias
Os laboratórios mantêm 11 parcerias técnico-científicas com universidades, instituto de pesquisas, organizações públicas e privadas, através de convênio e acordos de cooperação.

4. Prêmios
Em 2016, os laboratórios de Produtos Naturais 3, 4 e 5 foram agraciados com quatro premiações, entre elas: honra ao mérito pelos trabalhos Inovação na Fiocruz: projeto Profito, um estudo de caso e Efeito Inibitório da planta Clusia fluminensis Planch & Triana contra algumas atividades tóxicas dos venenos de Bothrops”; menção honrosa por Caracterização química de extratos e substâncias de espécies de Ilex (Aquifoliaceae) como potenciais agentes citotóxicos e antiviraisapresentado na 24ª RAIC/FIOCRUZ e melhores trabalhos por Incentivo Governamental para Arranjos Produtivos Locais de Plantas Medicinais e Fitoterápicos no Âmbito do SUS).