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2000 – Consolidação como parceiro estratégico do Ministério. A produção ultrapassa a marca de meio bilhão de unidades farmacêuticas;

2001 – Farmanguinhos participa dos Programas de Assistência Farmacêutica: Saúde da Família e Hiperdia, para prevenir e promover saúde para pacientes com Hipertensão Arterial e Diabetes Mellitus;

2003 – Mais de um bilhão de medicamentos produzidos;

2004 – Transferência para o Complexo Tecnológico de Medicamentos (CTM), em Jacarepaguá. O novo campus possui 105m².

2005 – O novo complexo passa por um processo de modernização, com equipamentos de tecnologia pioneira na América Latina;

2006 – Far contribui com 37% do total dos medicamentos do Ministério da Saúde.

2008 – Licenciamento compulsório do antirretroviral Efavirenz e registro do antimalárico Artesunato + Mefloquina (ASMQ);

2009 – Distribuição dos antirretrovirais Efavirenz e Oseltamivir;