2000 – Consolidação como parceiro estratégico do Ministério. A produção ultrapassa a marca de meio bilhão de unidades farmacêuticas;
2001 – Farmanguinhos participa dos Programas de Assistência Farmacêutica: Saúde da Família e Hiperdia, para prevenir e promover saúde para pacientes com Hipertensão Arterial e Diabetes Mellitus;
2003 – Mais de um bilhão de medicamentos produzidos;
2004 – Transferência para o Complexo Tecnológico de Medicamentos (CTM), em Jacarepaguá. O novo campus possui 105 mil m².
2005 – O novo complexo passa por um processo de modernização, com equipamentos de tecnologia pioneira na América Latina;
2006 – Far contribui com 37% do total dos medicamentos do Ministério da Saúde.
2008 – Licenciamento compulsório do antirretroviral Efavirenz e registro do antimalárico Artesunato + Mefloquina (ASMQ);
2009 – Distribuição dos antirretrovirais Efavirenz e Oseltamivir;